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cpがディレクトリLinuxエラーメッセージを省略しています。
ディレクトリをコピーしようとすると、次のエラーメッセージが表示されます。
$ cp srcdir destdir cp: omitting directory 'srcdir' $
再帰コピーに-Rオプションを追加します。
$ cp -R srcdir destdir